2006年1月，按时完成2005年度农村可再生能源统计工作。
2006年2月，完成了2005年农村沼气国债资金建设项目1222.2万元的沼气灶具及配套产品采购工作 。
2006年2月，完成了亚行贷款中国农村能源生态项目（二期）前期准备工作。
2006年2月，农业行业特有工种职业技能036鉴定站质量管理体系文件经站长批准发布。
2006年2月，组织召开山西省亚行贷款农村能源生态建设项目环境管理培训班，培训各级项目办主任及项目主管共计44人。
2006年3月，省厅召开山西省农业资源环保和农村可再生能源工作会议，安排全年工作。
2006年3月，农业行业特有工种职业技能036鉴定站经站长批准，质量管理体系开始实施并进行试运行。
2006年3月，亚行官员贝蒂·威尔金森（BettyWilkinson）女士为团长的中期评估考察团对我省利用亚行贷款农村能源生态建设项目执行情况进行了实地考察。我省根据项目的执行情况提出了项目中期调整意见，并顺利通过亚行审核。
2006年3月，出版了《农村沼气技术500问》，并连续再版了两次，印数达到了10万余册，对沼气技术培训、推广以及提高广大农民的科学文化素质均起到了积极的作用。
2006年4月，根据农业部申报项目的要求编制了《农村沼气国债项目管理信息手册》
2006年4月，召开的2005年度山西省国际金融组织贷款工作表彰大会上，我办再次受到山西省国际金融组织贷款管理办公室表彰，成为5个农业项目单位中唯一受表彰单位。
2006年4月，组织市、县项目办负责人和大型养殖厂业主16人赴江苏、上海考察大中型沼气工程项目，考察结束后，举办亚行贷款农村能源生态建设项目大中型沼气工程技术研讨会。
2006年5月，组织申报了第一批农村户用沼气国债项目，第一批批复我省29个项目县，建设规模61400户，争取中央国债资金4912万元。
2006年5月，根据农业部项目办要求，转发了《利用亚行贷款中国农村能源生态建设项目中期调整谅解备忘录》。
2006年5月，召开了全省基本农田污水灌区环境质量监测培训会，对11个市64个县90名农业局技术人员进行了采样技术和报告编制培训。
2006年5月完成了山西省农业及农村经济发展“十一五”规划环境影响评价篇章。
2006年6月，完成了山西省“百利”杯农村沼气知识竞赛活动。
2006年6月，完成了第三届农村沼气技术和管理比武工作。
2006年6月，组织对我省亚行项目区临汾市、吕梁市、晋中市、太原市项目县的财务管理和建设进度进行了半年度检查。
2006年6月，对承担2003、2004、2005年度农村沼气建设项目的9个市的41个项目县（市、区）进行了检查，及时发现并解决了项目建设中存在的问题。
2006年6月，承办了劳动和社会保障部与农业部在山西举办的“内审员培训班”，我站有14人参加培训，并全部领到劳动和社会保障部颁发的“内审员培训合格证书”。
2006年7月，联合省财政厅国际处，组织项目市、县及项目单位的负责人和财务人员举办亚行贷款农村能源生态建设项目财务管理培训班，培训80余人。经对市、县项目办管理人员及其所推荐了部分优秀技工进行考核，最终确定了25名首批亚行贷款农村能源生态建设项目质量监督员。
2006年7月，邀请美国加利福尼亚大学戴维斯校区生物与农业工程系张瑞红和潘忠礼两位教授，就“农业有机废弃物的处理和利用、生物质能源和农产品加工”等方面的基础知识对全厅处级以上干部进行了培训。
2006年8月，根据山西省社会主义新农村建设领导组[2006]1号《会议纪要》精神，我办全省2006年1098个新农村建设试点村农村沼气建设情况进行了调查摸底，提出了在适宜沼气建设的654个试点村发展农村沼气102016户的方案。
2006年8日，经农业厅授权委托与农业部对外经济合作中心签署了山西省亚行贷款农村能源生态建设项目环境监测评价合同。
2006年8月，经对山西省国际招标有限公司、山西中兴源招标有限公司等四家具有国际招投标代理资格的公司进行公开竞标，选定山西省国际招标有限公司为山西省亚行贷款农村能源生态建设项目大中型沼气工程项目国际询价采购的代理机构。
2006年8月，经省政府批准，省农业厅晋农秘[2006]5号文件印发了《山西省农业环境污染突发事件应急预案》。
2006年8月，为贯彻落实全省第七次环境保护工作会议暨“蓝天碧水工程”启动大会会议精神，对已成立山西省农业面源污染综合防治领导小组及办公室组成单位和人员进行了调整和充实。
2006年9月，组织申报了第二批国债项目共批复我省19个项目县，建设规模30250户，争取中央国债资金2420万元。
2006年9月，受中央项目办委托，在太原市组织举办了亚行贷款中国农村能源生态建设项目环境监测评价培训班。
2006年9月，调整后的山西省农业面源污染综合防治领导组组织召开了山西省农业面源污染综合防治第一次工作会议，讨论并确定了各成员单位的职责和分工。
2006年5月－9月，共完成9个申报单位的5万亩无公害农产品、50万头（只）无公害畜禽产品生产基地的环境检测和评价任务。
2006年10月，劳动和社会保障部组织专家组对036鉴定站质量管理体系进行了认证的现场审核，专家组对036鉴定站质量管理体系建设取得的成绩给予了充分肯定，并推荐通过质量管理体系认证。
2006年10月，在临汾市举办山西省召开亚行贷款农村能源生态建设项目扶贫先导工程暨优质农产品生产专题研讨会。研讨会邀请了中国地区促进会绿色扶贫委员会毕文刚副主任。
2006年10月，根据《山西省财政厅关于对国际金融组织贷款项目进行监督检查的通知》，组织各项目区对我省亚行项目的执行情况进行了交叉检查。
2006年11月，根据农业部督查通知，对承担2003、2004、2005年度农村沼气建设项目的9个市的41个项目县（市、区）进行了抽查，并向农业部提交了项目核查报告。
2006年11月，召开了全省农村沼气建设潞城现场会，会议交流了建设经验，参观了潞城市农村沼气建设现场，通报了全省农村沼气国债项目建设进度，安排了2007年工作。
2006年11月，组织我省市、县亚行项目办负责人和财务人员共18人赴江西省亚行项目区进行了项目考察。
2006年12月，被农业部农业职业技能开发十周年表彰评审委员会评为“全国优秀农业职业技能鉴定站”（1996—2006年度）荣誉称号。
2006年12月，任济星、张伟基、钞燕宾三位同志被农业部农业职业技能开发十周年表彰评审委员会评为全国农业职业技能开发先进工作者。
2006年12月，“农业废弃物利用特别研究”项目“沼气综合利用效果测定及技术评价”课题在北京启动，我站与农业部对外经济合作中心签署了研究合同。
2006年12月，受项目业主单位委托，由山西省国际招标公司组织召开了大中型沼气工程项目招标会议。
2006年4月-12月，完成了全省129万亩基本农田污水灌区环境质量监测工作，共采集土样1300多个，灌溉水样近400个，取得化验数据26700个，编制完成环境质量报告。
为加快农村沼气国债项目建设进度，分别以农业厅名义于2006年2月、7月、8月、11月对2003、2004、2005年度农村沼气国债建设项目实施情况进行了四次通报，有力地推动了项目建设。
2006年，036鉴定站共培训和鉴定农民工2091人，其中有1740人取得了农业部和劳动与社会保障部颁发的沼气生产工职业资格证书。截止2006年底，我省累计培训农村沼气技工8000多人，取得农村沼气生产工国家职业资格证书人员达5776名。
全年提款报账5次，共提款2413417.96美元，周转率300%。分别是2月22日提款报账381128.03美元、3月27日提款报账324871.08美元、6月20日提款报账191084.29美元、8月18日提款报账804982.13美元、12月5日提款报账711352.43美元。
全年共完成模式I 31个，模式II 2502个，使我省模式I和模式II的完成率分别达到了100%和71.5%。特别是隰县和安泽县，已100%完成了建设任务。