沼渣是有机物在沼气池中厌氧发酵后的残留物，是一种优质有机腐肥，可作为农业生产的肥料，沼渣在综合利用方面也十分广泛，在作为鱼饲料、培养蘑菇等食用菌原料方面被大量采用，增产效果十分明显，沼渣已成为无公害农产品生产不可或缺的首选有机肥料。

    虽然沼气的厌氧发酵生物技术对致病菌的灭活作用显著，但在沼气发酵过程中，由于“三位一体”沼气池每天都有新鲜人、畜粪便入池发酵，在取用沼渣时，有部分由于入池时间短，在沼渣中沉积的许多活的寄生虫卵有些仍具有活力，可以致病，据检测，沼气池内95%以上的寄生虫卵沉降于沼渣中。因此，沼渣在使用前必须作无害化处理。

    对沼渣的无害化处理，一般可采取好氧堆肥法和在沼渣中加入适量的化肥进行密封贮存，均可取得较好的卫生效果。

    好氧堆肥法就是把沼渣与稻草、猪粪等分层堆制密封，当堆内温度达60℃左右时，保持一个星期后，蛔虫卵杀死率为98-100%，大肠杆菌菌值可上升为10-3以上，完全达到了粪便无害化标准要求。

    在沼渣中加化肥法就是将沼渣堆密封后，向堆内灌冲15%的氨水或在沼渣中加入尿素达1.5%浓度，拌合后密封发酵，分别经过20天和2-3天时间以后，也可获得与好氧堆肥法一样的卫生效果。